ภาควิชากายวิภาคศาสตร์ ได้รับการจัดตั้งขึ้นมาพร้อมกับคณะสัตวแพทยศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2497 ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ฉบับที่ 5 ตราขึ้นเมื่อวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2497 และประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 71 ตอนที่ 86 เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ. 2497 โดยมีศาสตราจารย์ นายสัตวแพทย์จักร พิชัยรณรงค์สงคราม เป็นหัวหน้าภาควิชาคนแรก

ศาสตราจารย์ นายสัตวแพทย์จักร พิชัยรณรงค์สงคราม
ศาสตราจารย์ นายสัตวแพทย์จักร พิชัยรณรงค์สงคราม

จวบจนถึงปัจจุบัน ภาควิชาฯ ได้ดำเนินการสอนรายวิชาต่างๆ ทางกายวิภาคศาสตร์ เช่น มหกายวิภาคศาสตร์ทางสัตวแพทย์ จุลกายวิภาคศาสตร์ทางสัตวแพทย์ และวิทยาเอมบริโอ ให้กับนิสิตสัตวแพทย์ระดับปริญญาตรี และยังมีหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิทยาศาสตร์กายวิภาคทางสัตวแพทย์ เพื่อผลิตบุคลากรระดับบัณฑิตศึกษาที่มีความรู้และความสามารถทางด้านกายวิภาคศาสตร์และวิทยาศาสตร์ชีวภาพที่เกี่ยวข้องอีกด้วย

ภาควิชากายวิภาคศาสตร์ มีพันธกิจตามปณิธานว่า "มุ่งคุณภาพ เน้นคุณธรรม นำวิชาการ ให้เป็นหนึ่ง"